An economical Nanopore sequencing assay for human papillomavirus (HPV) genotyping

Chan, Wai Sing; Chan, Tsun Leung; Au, Chun Hang; Leung, Chin Pang; To, Man Yan; Ng, Man Kin; Leung, Sau Man; Chan, May Kwok Mei; Ma, Edmond Shiu Kwan; Tang, Bone Siu Fai

doi:10.1186/s13000-020-00964-6

Diagnostic Pathology

Table 1 Results of Pap smear, cobas HPV Test, Roche Linear Array HPV Genotyping Test, and Nanopore sequencing

From: An economical Nanopore sequencing assay for human papillomavirus (HPV) genotyping

Patient	Pap smear	Roche Linear Array		Cobas HPV	Nanopore (PGMY)		Nanopore (MGP)		Total HPV reads
Patient	Pap smear	HR	Non-HR	Cobas HPV	HR	Non-HR	HR	Non-HR	Total HPV reads
1	AGUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
2	ASCH	52, 59	62	Other HR	59	Neg	59	90	4956
3	ASCUS	52	55	Neg	52	55	Neg	Neg	4262
4	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
5	ASCUS	31, 33	54	Other HR	31, 33, 52	Neg	Neg	90	8973
6	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
7	ASCUS	31	Neg	Other HR	Neg	Neg	31	Neg	1430
8	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
9	ASCUS	Neg	81	Neg	Neg	81	Neg	81	48,477
10	ASCUS	18	Neg	18	18	Neg	18	Neg	16,206
11	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
12	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
13	ASCUS	52	53, 54	Other HR	52	44, 53, 74	52	74, 90	15,419
14	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
15	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
16	ASCUS	52	81	Neg	52	81	Neg	81	8873
17	ASCUS	52	54	Other HR	52	54	52	54	36,258
18	ASCUS	52, 59	11	Other HR	52, 59	11	52, 59	11	44,702
19	ASCUS	Neg	Neg	Neg	PCR inhibition
20	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	7
21	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
22	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
23	ASCUS	39	61, 72	Other HR	39	61, 72	39	87	1624
24	ASCUS	66	Neg	Other HR	66	Neg	66	Neg	10,383
25	ASCUS	68	61	Other HR	Neg	61	Neg	61	10,644
26	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	90	541
27	ASCUS	52	Neg	Neg	52	Neg	Neg	87	3614
28	ASCUS	Neg	62	Neg	Neg	62	Neg	62	45
29	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
30	ASCUS	35	Neg	Other HR	35	Neg	35	Neg	1641
31	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
32	ASCUS	52	Neg	Other HR	52	Neg	52	Neg	399
33	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
34	ASCUS	51	84	Other HR	51	Neg	Neg	Neg	1853
35	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	74	Neg	74	11,499
36	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	93
37	ASCUS	51	Neg	Other HR	51	Neg	51	Neg	2897
38	ASCUS	Neg	40, 55, 83	Neg	Neg	40, 55, 83	Neg	40, 55, 83	47,736
39	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
40	ASCUS	58	53, 55, 62	Other HR	52, 58	53, 55, 62, 74	52	53, 62, 74	42,106
41	ASCUS	52	42, 73	Other HR	52	42, 73	52	42, 73	15,778
42	ASCUS	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	116
43	HSIL	16	Neg	16	16	Neg	16	Neg	15,918
44	HSIL	16	Neg	16	16	Neg	16	Neg	34,654
45	HSIL	59	Neg	Other HR	59	Neg	59	Neg	15,381
46	HSIL	31, 58	Neg	Other HR	31, 58	Neg	31, 58	Neg	3367
47	LSIL	52, 68	84	Other HR	52, 68	84	52, 68	84, 90	24,366
48	LSIL	66	84	Other HR	66	44, 84	66	44	57,206
49	LSIL	52	Neg	Neg	52	Neg	52	Neg	14,516
50	LSIL	Neg	40, 53	Neg	Neg	40, 53	Neg	40, 53	9265
51	LSIL	52	11, 81	Other HR	52	11, 81	52	11, 43, 81	29,748
52	LSIL	66	Neg	Other HR	66	Neg	66	Neg	40,328
53	LSIL	51	Neg	Other HR	51	Neg	51	43, 90	4454
54	LSIL	16, 51, 56	54, 62, 81	16, other HR	16, 51, 56	54, 62, 81	16, 51	40, 62, 81	20,455
55	LSIL	56	53	Other HR	56	53	56	53	28,377
56	LSIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
57	LSIL	66	54, 55, 81	Other HR	66	54, 55, 81	66	55, 81, 90	25,606
58	LSIL	52	Neg	Neg	52	42	52	90	15,103
59	LSIL	59	Neg	Other HR	59	Neg	Neg	Neg	11,235
60	LSIL	59	89	Neg	59	89	Neg	89	67,220
61	LSIL	56	82	Other HR	56	82	56	43, 82	42,160
62	LSIL	52	Neg	Other HR	52	Neg	52	Neg	39,323
63	LSIL	33, 51	Neg	Other HR	33, 51	44	51	44	19,704
64	LSIL+ ASCH	51	Neg	Other HR	51	Neg	51	Neg	4621
65	NIL	16	Neg	16	16	Neg	16	Neg	1958
66	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
67	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
68	NIL	Neg	Neg	Neg	59	Neg	59	Neg	2455
69	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	87	Neg	87	8775
70	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
71	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
72	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
73	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
74	NIL	58	Neg	Other HR	58	Neg	52, 58	62	8619
75	NIL	58	Neg	Other HR	58	Neg	58	Neg	13,149
76	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
77	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
78	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	90	2289
79	NIL	56	70	Other HR	Neg	44, 70	56	44, 70	7855
80	NIL	Neg	Neg	Neg	PCR inhibition
81	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	74
82	NIL	Neg	42	Neg	Neg	Neg	Neg	42	1406
83	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	74	Neg	74	7441
84	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
85	NIL	Neg	82	Neg	Neg	82	Neg	82	1162
86	NIL	Neg	62	Neg	Neg	62	Neg	62	65,368
87	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
88	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
89	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
90	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	142
91	NIL	39, 52	Neg	Other HR	52	Neg	52	90	15,703
92	NIL	68	Neg	Other HR	68	42	68	Neg	19,777
93	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
94	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
95	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
96	NIL	52	Neg	Neg	52	Neg	52	Neg	5242
97	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
98	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
99	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	41
100	NIL	52	Neg	Other HR	52	Neg	52	Neg	24,478
101	NIL	Neg	61	Neg	PCR inhibition
102	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	72
103	NIL	39	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
104	NIL	Neg	62, 84	Neg	Neg	62	Neg	62	3589
105	NIL	Neg	71	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
106	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
107	NIL	52	62	Other HR	52	44, 53, 62	52	44	18,086
108	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
109	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
110	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
111	NIL	Neg	84	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
112	NIL	16, 52	Neg	16	16, 52	Neg	16	Neg	72,357
113	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
114	NIL	Neg	55, 89	Neg	Neg	26, 55, 89	59	26, 55, 62, 89	8926
115	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	74	1586
116	NIL	Neg	81	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
117	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
118	NIL	Neg	6, 62	Neg	Neg	6, 62	Neg	6, 62	9414
119	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
120	NIL	Neg	54	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
121	NIL	Neg	Neg	Neg	PCR inhibition
122	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	8
123	NIL	68	Neg	Other HR	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
124	NIL	Neg	81	Neg	Neg	81	Neg	81	8735
125	NIL	Neg	84	Neg	Neg	Neg	Neg	87	1025
126	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	90	1719
127	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
128	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
129	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	10
130	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
131	NIL	Neg	84	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
132	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
133	NIL	59	62, 71	Other HR	Neg	Neg	Neg	Neg	30
134	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
135	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	522
136	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
137	NIL	51	84	Other HR	PCR inhibition
138	NIL	39	Neg	Other HR	39	Neg	39	Neg	19,305
139	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	195
140	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
141	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	23
142	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
143	NIL	Neg	42, 81	Neg	Neg	40, 74, 81	Neg	40, 74, 81, 87	19,118
144	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
145	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
146	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
147	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	40
148	NIL	59	Neg	Neg	59	Neg	Neg	Neg	12,681
149	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	14
150	NIL	Neg	Neg	Neg	PCR inhibition
151	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	79
152	NIL	Neg	62	Neg	Neg	62	Neg	62	14,353
153	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
154	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
155	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
156	NIL	52	54	Neg	52	54	52	54	18,397
157	NIL	39, 52	53, 61	Other HR	39	53, 61	39	53, 61	20,332
158	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
159	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	60
160	NIL	Neg	Neg	Neg	PCR inhibition
161	NIL	Neg	62	Neg	Neg	62	Neg	62	13,545
162	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	74	Neg	74	4514
163	NIL	Neg	62	Neg	Neg	62	Neg	62	11,894
164	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
165	NIL	59	Neg	Neg	PCR inhibition
166	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
167	NIL	39	Neg	Other HR	39	Neg	39	Neg	52,831
168	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
169	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
170	NIL	66	Neg	Other HR	66	Neg	66	Neg	54,943
171	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
172	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
173	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
174	NIL	66	Neg	Other HR	66	Neg	66	Neg	57,791
175	NIL	Neg	54	Neg	Neg	54	Neg	54	23,583
176	NIL	Neg	Neg	Neg	PCR inhibition
177	NIL	16	62	16	Neg	53, 62	16	62	28,181
178	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	206
179	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
180	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
181	NIL	51, 66	Neg	Other HR	51, 66, 68	Neg	51, 66, 68	Neg	6952
182	NIL	16, 51, 58	61	Other HR	58	61	Neg	61	5737
183	NIL	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
184	NIL	58	Neg	Other HR	58	Neg	58	Neg	43,034
185	NIL	58	70, 89	Other HR	58	70, 89	58	89	33,842
186	ND	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	414
187	ND	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
188	ND	16	Neg	16	16	Neg	16	Neg	96,549
189	ND	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
190	ND	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
191	ND	56	Neg	Other HR	56	Neg	56	Neg	18,782
192	ND	51	Neg	Other HR	51	Neg	51	Neg	6020
193	ND	Neg	62	Neg	Neg	62	Neg	62	20,373
194	ND	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
195	ND	52, 59	Neg	Other HR	52, 59	Neg	59	Neg	11,926
196	ND	59	Neg	Other HR	59	Neg	59	Neg	24,045
197	ND	52, 59	54, 70	Other HR	52, 59	70	52, 59	70, 90	46,523
198	ND	56, 66	53, 61, 84	Other HR	66	32, 53, 61, 84	56	32, 53, 61, 84	62,600
199	ND	Neg	62	Neg	Neg	Neg	Neg	Neg	ND
200	ND	Neg	53, 54, 81, 83	Neg	Neg	53, 54, 83	Neg	53, 81, 83	32,868
201	ND	Neg	Neg	Neg	PCR inhibition

AGUS Atypical glandular cells of undetermined significance, ASCH Atypical squamous cells – cannot exclude HSIL, ASCUS Atypical squamous cells of undetermined significance, HR High-risk, HSIL High-grade squamous intraepithelial lesion, LSIL Low-grade squamous intraepithelial lesion, ND Pap smear/ MinION sequencing not done, Neg Negative, NIL normal cytology

Back to article page

ISSN: 1746-1596

Contact us

Submission enquiries: journalsubmissions@springernature.com